FSI ka për mision të ofrojë arsim të lartë cilësor dhe gjithëpërfshirës, të zhvillojë kërkime shkencore me ndikim akademik e shoqëror dhe të shërbejë komunitetit me vlera islame, etike dhe humane, duke përgatitur kuadro profesionale.
Misioni i FSI-së është të ofrojë arsim të lartë cilësor dhe gjithëpërfshirës, të zhvillojë kërkime shkencore me ndikim akademik dhe shoqëror dhe të shërbejë komunitetit përmes promovimit të vlerave islame, etike dhe humane, duke përgatitur kuadro profesionale dhe të përgjegjshme.
Duke u mbështetur në tri shtyllat themelore të universiteteve moderne: mësimdhënie cilësore, kërkim shkencor dhe shërbim ndaj komunitetit, FSI synon të formojë profesionistë të aftë dhe etikë, të kontribuojë në zhvillimin e dijes në fushën e studimeve islame dhe shkencave humane, si dhe të luajë një rol aktiv në institucionet dhe shoqërinë kosovare përmes ekspertizës profesionale dhe angazhimit qytetar.