Fakulteti i Studimeve Islame është institucion i pavarur edukativo-arsimor dhe hulumtues-shkencor, i cili organizon studime universitare për studentët, me ambicie reale edhe për studime pasuniversitare deri në doktoraturë. Ai ka për mision arsimimin, edukimin dhe përgatitjen e kuadrove profesionale e shkencore për nevojat e Bashkësisë Islame dhe të shoqërisë kosovare në tërësi, po edhe më gjerë, në frymën e parimeve shkencore dhe të vlerave bashkëkohore nga fusha e teologjise islame. Punën pedagogjike, shkencore dhe hulumtuese Fakulteti i Studimeve Islame synon të kryejë dhe të zhvillojë sipas standardeve evropiane të përcaktuara me Deklaratën e Bolonjës.
Strategjia e Fakultetit të Studimeve Islame, përmes organizimit të studimeve universitare po edhe pasuniversitare, është që diturinë dhe njohuritë bashkëkohore t’i distribuojë përmes aktivitetit të mësimdhënies, të studimeve dhe hulumtimeve, si dhe të arsimojë kuadro të niveleve të ndryshme në përputhje me Statutin e FSI-së dhe Ligjin mbi arsimimin e lartë të Kosovës. E veçanta e Fakultetit të Studimeve Islame është orientimi kah fusha e dijes në teologji islame, shkenca humane, filologji, histori etj.
Misioni i FSI eshte ne percjellje e siper dhe se paku per kete periudhe kohore nuk kemi verejtur nevojen per ndryshim, plotesim te misionit te Institucionit tone pasi qe ky mision i ploteson objektivat dhe qellimet e Institucionit konform rrethanave te tanishme.